Πολλά παιδιά φιλοξενούνταν στις δομές της «Κιβωτού» δίχως να υπάρχουν έγγραφα με τα στοιχεία τους, το πιστοποιητικό γεννήσεώς τους και την οικογενειακή τους κατάσταση
Χωρίς άδεια ίδρυσης και λειτουργίας λειτουργούσαν – εκτός από αυτή της Καλαμάτας – και οι δομές της «Κιβωτού του Κόσμου» στην Πωγωνιανή και στη Βόνιτσα, φιλοξενώντας μάλιστα 45 ανηλίκους, ηλικίας 5 έως 18 ετών.
Παράλληλα, σύμφωνα με τις ίδιες πηγές, πολλά παιδιά φιλοξενούνταν στις δομές δίχως να υπάρχουν έγγραφα με τα στοιχεία τους, το πιστοποιητικό γεννήσεώς τους και την οικογενειακή τους κατάσταση.
Επιπλέον, αποκαλύφθηκε μια απάνθρωπη τακτική της «Κιβωτού» να διαχωρίζει τα αδέρφια μεταξύ τους, απαγορεύοντας κάθε επικοινωνία ύστερα μεταξύ τους, ενώ δεν διευκόλυνε καμία διαδικασία αναδοχής ή υιοθεσίας, με αποτέλεσμα πολλά από τα παιδιά να διαμένουν στις δομές κατά μέσο όρο 7 χρόνια.
